Wir haben das selbe Problem. Aber bei uns stimmt die config Datei und bei uns sind auch beim ersten einloggen sämtliche der Ordner (Inbox, Drafts, Sent, usw.) vorhanden. Merkwürdigerweise sind es bei uns aber nur alte Mails, Mails die durch den Server liefen ehe wir das Roundcube Webmail installierten.
Alles was aktuell ist, also neuere Mails die seit bestehen des Webmail Portals eingingen lassen sich auch ohne weiteres löschen. Warum diese alten Mails sich überhaupt zeigen lassen ist mir ein völliges Rätsel, denn diese wurden schon vor sehr langem direkt vom Email Programm (Thunderbird) auf dem Desktop Computer gelöscht. Wirklich merkwürdig ...
MfG.